Исчезновение Харухи Судзумии

Наступает середина декабря, и глава клуба SOS, Судзумия Харухи, объявляет, что Рождество они будут отмечать в комнате клуба с рождественским ужином. Все члены клуба с энтузиазмом принимаются за подготовку к празднику. Однако, несколько дней спустя, по пути в школу Кён замечает странности в поведении своих друзей и окружающей обстановке.

Танигути, который обычно был весел и общительен, внезапно становится молчаливым и отстраненным. Он даже не помнит вчерашних разговоров. В классе нет Харухи, а Рёко Асакура, которая должна быть мертвой, сидит на её месте и ведет себя как ни в чём не бывало. Микуру Асахина не узнает Кёна, а Нагато, которая всегда была тихой и загадочной, теперь выглядит как обычная девушка и является единственным членом литературного клуба.

Кён понимает, что что-то серьезно не так. Ни бригады SOS, ни Судзумии Харухи в этой школе никогда не существовало. Все воспоминания о клубе и его членах исчезли, как будто их никогда не было. Кён оказывается в мире, где все его друзья и знакомые ведут себя совершенно иначе, а он остается единственным, кто помнит правду.