Действие аниме разворачивается вокруг старшеклассника Дзюмпэя Манаки, который мечтает стать режиссёром. Однажды на крыше школы он сталкивается с таинственной девушкой, но она сбегает, оставив лишь клубничные трусики в качестве загадки. Дзюмпэй находит на крыше тетрадь, принадлежащую скромной и талантливой писательнице Ае Тодзё. Несмотря на то, что Ае не похожа на ту самую девушку, они быстро находят общий язык и становятся друзьями, разделяя мечту создать отличный сценарий и снять по нему фильм.
Между тем, Дзюмпэй начинает подозревать, что та самая "клубничка" — это Цукаса Нисино, самая популярная девушка в школе. Её случайная фраза о клубничном белье лишь усиливает его убеждение. Не колеблясь, Дзюмпэй делает неожиданное предложение Нисино встречаться, шокируя всех своих сверстников. Так начинается сложная любовный треугольник, где каждый персонаж ищет своё место и истинные чувства.
В центре сюжета — не только романтические отношения, но и дружба, стремление к творчеству и самопознанию. Дзюмпэй, Ае и Цукаса проходят через множество испытаний, чтобы понять, кто они на самом деле и чего хотят от жизни. Аниме "Kimi ga Nozomu Eien" («Тот, кого ты желаешь») рассказывает о юности, её мечтах и разочарованиях, о том, как трудно бывает сделать правильный выбор и не потерять себя на этом пути.